《福建农林大学学报(自然科学版)》（双月刊）创刊于1953年，是综合性的农业学术期刊，立足本校，面向社会，主要刊载作物科学、植物保护、园艺科学、林业科学、生命科学、动物科学、蜂学、资源与环境学、食品科学、材料工程、计算机与信息科学、机电工程、交通等及相关学科的基础研究、应用研究和开发研究等方面的学术论文。读者对象为国内外有关专业的科技工作者、高等院校教师和研究生等。 《福建农林大学学报(自然科学版)》获中国自然科学核心期刊；第二届全国优秀科技期刊；全国高校优秀自然科学学报；华东地区优秀期刊。
《福建农林大学学报》(哲学社会科学版)（双月刊）创刊于1998年，是由福建农林大学主办的综合性社会科学学术期刊。 《福建农林大学学报》(哲学社会科学版)主要报道有关农业、农村和农民问题的最新研究成果，兼顾刊载其他社会科学方面的学术论文，为我国经济和社会发展以及高等农业教育改革服务。获奖情况：2002年获中国人文社科学报优秀编辑质量社科学报、2003年获第三届全国理工农医院校优秀期刊奖。